肛门疼痛的原因有以下几个，一个是血栓外痔，第二个是肛裂，第三个是肛周脓肿。
所以要看疼痛是什么情况下出现，如果是大便时出现，同时伴有肛门疼痛，往往有三种情况导致：肛裂导致的出血疼痛、急性血栓外痔、还有肛周脓肿，这三种情况都可以导致肛门疼痛，肛裂的疼痛。
首先是大便时疼痛同时伴有出血，有的陈旧性肛裂还会在排完后，有一段持续的痉挛疼痛。血栓外痔的情况是因为突然肛门旁边，肛门周围皮下血管破损，出现有急性血栓，血栓压迫到皮下神经导致疼痛，可以摸到肛门口有硬块，同时伴有疼痛。肛周脓肿的疼痛，是在肛门旁边出现皮下硬块，同时伴有疼痛，疼痛是由于肛隐窝发炎，过去到肛门直肠周围的间隙，所以硬块相对比较大，而且会比较深一点，不像血栓外痔是在皮下，可以看到紫暗色的血块，透过皮肤可以看到肛周脓肿的硬肿块是在深层的间隙里面，所以可大可小、可深可浅。
