严格来说艾灸存在一定副作用。皮肤的感染以及形成皮肤斑痕是艾灸比较常见的副作用。患者在进行艾灸的时候一定要选择专业的机构，尽量减少副作用的发生，且尽量减轻对患者身体的伤害。需要注意的是，正常情况下最好不要在颜面部位进行艾灸，否则很容易会形成斑痕，影响到患者面部的美观。
有的人可对艾灸烟味产生不适，从而出现喉头水肿;有的人艾灸治疗后，全身可出现瘙痒、起红斑的表现，此为对艾草过敏症状，与体内湿气较重有关;
如果患者出现高热、昏迷、抽风的情况，也不建议进行艾灸，否则会影响到患者的身体健康。
另外，如果患者选择的艾草质量不佳，也可能会导致副作用。
因此，若需进行艾灸治疗，在选择艾草时，必须选用优质艾草，配合合适的治疗时间，加上操作以上的手法到位，这样就可以减轻艾灸的副作用了。
