羟氯喹的副作用有：1.视网膜病变：与剂量有关，在每日最大剂量不超过6.5毫克每公斤体重的情况下，发生视网膜损害的风险比较低，但是超过推荐的每日剂量就会大大的增加视网膜毒性的风险。长期使用羟氯喹时应该在开始时，并在定期每三个月进行眼部的检查。2.其它副作用：使用羟氯喹有可能促使银屑病严重发作，卟啉病患者服用羟氯喹后可能导致病情恶化。羟氯喹还可能引起皮疹。对于肝肾功能严重受损的患者，应该进行血浆羟氯喹水平的监测，以便调节所使用的剂量，如果出现了与原发病无关的严重的血液异常，应该考虑停止该药物。骨髓抑制，尽管这方面的风险比较低，但是使用羟氯喹后出现贫血、再生障碍性贫血、粒细胞缺乏症、白细胞减少症和血小板减少症都是有过报道的，因此，建议要定期的去检查血常规，如果确实出现异常，应该立即停用。如果患有半乳糖不耐受，或者是葡萄糖-半乳糖吸收不良等罕见遗传疾病的患者，禁止使用羟氯喹。
